В make.conf можно прописать дефолтные опции, которые всегда будут ставится после emerge, к примеру, так:
EMERGE_DEFAULT_OPTS="--ask --verbose"
Еще стоит отметить, как более правильно распределять флаги между make.conf и package.use. У меня сейчас глобальные флаги, описывающие всю мою систему, в make.conf, а более локальные - относящиеся к конкретным программам - в package.use. Так наверно более удобно. Вообще я как-то стремлюсь сократить число флагов в make.conf.